アシスト店長側の受注の作業状況が「処理中」か「確定」になっているか確認してください。

【参考】アシスト店長「作業状況」の詳細
・受注取り込み時「取込済」
・お荷物伝票番号CSV取り込み時「確定」
・モール連携時『「処理済」反映待ち』
・入金消込時「処理済」

※「処理中」は任意設定です。
受注ステータスの自動仕分けで設定があれば「処理中」になることもあります。